档案整理的基本方法有两种：

1、以案卷为单位整理。以案卷为单位整理就是立卷，即按照文件材料在形成和处理过程中的联系将其组合成案卷。所谓案卷，就是一组有密切联系的文件的组合体。立卷是一个分类、组合、编目的过程。分类即按照立档单位的档案分类方案，对文件材料进行实体分类；组合即将经过分类的文件材料，按一定形式组合起来；编目即将经过组合以后的文件材料，进行系统排列和编目。以案卷为整理的档案，其基本保管单位是案卷。

2、以件为单位整理。以件为单位整理要以计算机管理为前提条件。以件为单位整理就是按照文件材料形成和处理的基本单位进行整理。一般来讲，一份文书材料、一张图纸或照片、一盘录音带或录像带、一本表册或证书、一面锦旗、一个奖杯等均为一件。文书材料的正本与定稿作为一件，转发件与被转发件为一件，正文与附件作为一件，原件与复制件作为一件，来文与复文可为一件。以件为单位整理的档案，其基本保管单位是件。